De acordo com nota lançada pela Animecon Produções e Eventos, a estrutura do evento foi modificada para duas edições anuais.

Pela nota, foi constatada a insatisfação do público em relação à diminuição de dias do Animecon. Desta forma, o evento será concentrado em finais de semana, a fim de facilitar o acesso do público.

Neste ano, o evento será realizado nos dias 26 e 27 de Julho, e terá uma segunda parte nos dias 17 e 18 de Janeiro de 2009. A partir de Julho do ano que vem, este formato deve ser adotado oficialmente para os próximos anos. A mudança também foi apontada pelas festividades que darão início neste ano, em comemoração aos 10 anos de evento.